Le biologiste marin Nathan Quinn travaille depuis des années sur le chant des baleines. Sponsorisé par une vieille milliardaire lunatique et entouré d'une équipe de bras cassés, notre héros n'arrête pas de se faire chambrer par ses collègues scientifiques. Un soir, alors que Nathan est sur le point de déchiffrer le chant des mammifères marins, son laboratoire est fouillé et saccagé. Quelques heures plus tard, lors d'une sortie en mer, son embarcation est retournée par une baleine qui l'avale... Rencontre improbable du commandant Cousteau et de Tex Avery, "Le secret du chant des baleines" est une relecture sous LSD de "Vingt mille lieues sous les mers".